Sekali lagi, Kaitou Kid memiliki target dalam pikiran: Ibu Kristal, topaz terbesar di Eropa yang dimiliki oleh Ratu Selizabeth dari Principality of Ingram. Dia berniat mencuri permata ini sementara Ratu terjebak di kereta api dari Tokyo ke Osaka. Namun, kemampuan Kid diuji, karena Ratu telah menyembunyikan permata di suatu tempat di kereta.
Conan Edogawa, yang berada di antara penumpang kereta api, mencurigai serangan dari pencuri hantu dan mulai menyelidiki sendiri, sementara Inspektur Ginzou Nakamori siap untuk konfrontasi baru terhadap perampok perhiasan yang sulit ditangkap.
