Chiyo Sakura adalah gadis sekolah menengah yang ceria yang jatuh cinta pada Umetarou Nozaki yang tidak sadar. Banyak kebingungan Chiyo, ketika dia menyatakan perasaan pada Nozaki yangdisukainya, dia menyerahkan tanda tangan yang tidak dikenalnya. Ternyata, bocah lelaki tabah itu sebenarnya adalah shoujo mangaka yang disegani, diterbitkan dengan nama pena Sakiko Yumeno! Serangkaian kesalahpahaman menyebabkan Chiyo menjadi salah satu asisten manga Nozaki.
Sepanjang peristiwa lucu yang terjadi kemudian, ia berteman dengan banyak teman sekolahnya yang aneh, termasuk rekan asistennya yang tampaknya tak tahu malu, Mikoto Mikoshiba, dan “Prince of the School,” Yuu Kashima. Gekkan Shoujo Nozaki-kun mengikuti Chiyo saat dia berusaha untuk membantu Nozaki dengan manga-nya dan berharap bahwa dia akhirnya akan melihat perasaannya.
