Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi kota metropolitan yang maju secara teknologi. Karena peningkatan besar dalam sibernetika, warganya dapat mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian robot. Dunia sekarang lebih saling terhubung daripada sebelumnya, dan Bagian 9 Keamanan Publik kota bertanggung jawab untuk memberantas korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya setelah pergeseran menuju globalisasi.
Mayor Motoko Kusanagi yang berkemauan keras dari Bagian 9 mempelopori sebuah kasus yang melibatkan seorang hacker misterius yang hanya dikenal sebagai “Master Wayang,” yang meninggalkan jejak korban yang dilucuti ingatan mereka. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Guru Boneka hampir seluruhnya robot, memberi mereka kekuatan luar biasa.
Ketika Motoko dan bawahannya mengikuti jejak penjahat yang penuh teka-teki, pihak lain — termasuk Bagian 6 — mulai terlibat, memaksanya menghadapi sifat kasus yang sangat rumit. Merenungkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna kehidupannya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa orang yang akan memberikan jawaban ini tidak lain adalah Master Wayang sendiri.
