Di dunia yang penuh dengan pesawat dan kapal udara, Sheeta adalah seorang gadis muda yang telah diculik oleh agen pemerintah yang mencari jimat kristal misteriusnya. Ketika terperangkap di dalam pesawat terbang, dia mendapati dirinya tanpa harapan — yaitu, sampai kapal itu diserbu oleh bajak laut. Mengambil keuntungan dari kebingungan berikutnya, Sheeta berhasil melarikan diri dari para penculiknya. Setelah melarikan diri, dia bertemu Pazu, seorang bocah lelaki yang bermimpi untuk mencapai kastil terbang dongeng, Laputa. Keduanya memutuskan untuk memulai perjalanan bersama untuk menemukan kastil ini di langit. Namun, mereka segera menemukan agen pemerintah kembali ke jalur mereka, karena mereka juga berusaha mencapai Laputa untuk tujuan serakah mereka sendiri.
Tenkuu no Shiro Laputa mengikuti petualangan Sheeta dan Pazu yang melonjak, semua saat mereka belajar bagaimana mimpi dan keadaan yang mengerikan dapat membawa dua orang lebih dekat.
