Dunia berada dekat dengan kehancuran yang disebabkan oleh “Keputusasaan Terakhir” yang memicu “Yang Terbesar, Yang Paling Mengerikan, (dan) Kejadian yang Paling Tragis dalam Sejarah Manusia”. Demi menyelamatkan dunia ini dari kekacauan, dibentuklah the Future Foundation. Meskipun organisasi ini terus menjalankan kegiatan untuk memulihkan dunia, namun Naegi Makoto dicurigai telah berkhianat karena melindungi “Sisa Keputusasaan”.Saat para anggota Future Foundation berkumpul untuk memutuskan hukuman, mereka semua justru terjebak di dalam tempat pertemuan oleh Monokuma yang menuntut untuk segera memulai “Pembunuhan Terakhir”. Sesaat setelah tiba di lokasi, mereka diberi obat penenang dan gelang aneh yang terpasang di pergelangan tangan mereka. Hal ini untuk mencegah hal buruk jika ada seorang pengkhianat yang mungkin akan membunuh anggota Future Foundation.
Menurut Urutan Cerita:
1.Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen: Zetsubou Hen
2.Danganronpa: Kibou no Gakuen to Zetsubou no Koukousei The Animation
3.Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen: Mirai Hen
4.Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen: Kibou Hen
